В 1552 году войска Ивана Грозного взяли Казань, и территория бывшего Казанского ханства, включая марийские земли, вошла в состав Русского государства. Этот процесс был непростым и растянулся на несколько десятилетий.
Черемисские войны
В 1550–1580-х годах марийские земли стали ареной так называемых Черемисских войн — серии восстаний местного населения против новой администрации и налогового бремени. Восстания были подавлены, но их итогом стал поиск более гибкой политики по отношению к народам Поволжья.
Основание крепостей
Для закрепления власти на новых землях в 1580-е годы были основаны крепости-остроги — Кокшайск, Царёвококшайск (ныне Йошкар-Ола) и Царевосанчурск. Они стали опорными пунктами русской администрации и одновременно центрами торговли с местным населением.
Христианизация и сохранение традиций
С XVII–XVIII веков среди марийцев проводилась христианизация, однако значительная часть народа долгое время сохраняла традиционные верования, а во многих семьях сложилось двоеверие — сочетание православных обрядов с элементами марийской традиционной религии.